円通殿は、正面三間、側面は変則的な三間の方形造（ほうぎょうづくり）の小型仏寺建築で、屋根はかつて茅葺きであったものに銅板を被らせています。

軒は二軒で下の軒は扇垂木となっていて、正面には唐破風のついた向拝があります。殿内の奥壁によせて須弥壇が設置され、三分割された須弥壇は、それぞれに禅宗様の花頭窓状の枠で仕切られ諸仏が安置されています。

円通殿は小型ながら構造・技法・意匠等、また名称ともに禅宗様（唐様）の影響を色濃く残し、山里の禅宗風の文化が開花したことを示すとともに、信仰と文化の拠点であったことを物語っています。

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